DNA重组虚拟实验

DNA重组虚拟实验
             (制作程序脚本)
【标题页】 
              生物化学与分子生物学虚拟实验室
  点击按钮:基础知识(以下为一组):
1实验目的、2实验原理、3注意事项、4**试剂与实验器材
虚拟实验(以下为一组):
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【实验目的】
 实验目的:
      掌握基因重组的基本原理和基本操作技术。
                                            (点击“返回”按钮,回**页)
【实验原理】
实验原理:
     基因重组是一个操作过程。是利用酶学的方法,将外源性的DNA与载体DNA结合成一具有自我复制能力的DNA分子,继而通过转化或转染宿主细胞,达到改变宿主细胞的遗传性状的目的。
                                           (点击“返回”按钮,回**页)
【注意事项】
       基因载体作为外源基因导入细胞的工具,一定要有多克隆的位点,筛选标记,复制的起始位点等。
    酶切反应时加入限制酶的体积不超过反应总体积的1/10,避免限制酶活性受到甘油的影响。稀释以免酶失活。
DNALigase对热敏感,容易失活。使用时请放置冰上,用后立即置冰箱中冷冻保存。
                                   (点击“返回”按钮,回**页)
【**试剂与实验器材】
 **试剂:限制性内切酶; 碱性磷酸酶; DNA连接酶等。
实验器材:振荡器、恒温槽、移液架、微量取液器、盛有消毒枪头的塑料盒等。
【重组】
  【出现工作台界面】
  【左侧】:振荡器、恒温槽、移液架、微量取液器、盛有消毒枪头的塑料盒、EP管、计时器
   【右侧】:RT-PCR产物(为双螺旋图像)、载体DNA(为圆形图案:上标各种酶切位点(BamH I,SCA I,PVU Ⅰ,ECOR I,PVU Ⅱ,XMNI)、限制性内切酶:SCA I:AGTACT ,BamH I:GGATCC, PVU Ⅰ:CGATCG,ECOR I:GAATTC, PVU Ⅱ:CAGCTG,XMNI:GAANNNTTC,10×Buffer液, 碱性磷酸酶,ddH2O,10×DNA连接Buffer,DNA连接酶。
   【画面中央】:工作台:一块象征性的平台,有“工作台”字样
   【画面右下角】:垃圾桶(有骷髅头图形标记)
   【界面按钮设计】:实验注意:有内容时自动显示
                    实验提示:**步箭头放上自动显示,以后每一步均自动显示
                    重新操作:返回到上一步结束
退出实验:回到本步骤界面
开始实验:点击后开始实验
退出运行:回到**页
关闭音乐:实验开始,背景音乐自动响起。按此键,即关闭音乐
【操作开始】
一、准备酶切目的DNA(RT-PCR的产物)
1、点击“准备酶切目的DNA” ----桌面右侧出现DNA, 10×Buffer,限制性内切酶, ddH20,左侧:实验仪器:振荡器,恒温槽,EP管。
   实验提示:准备EP管
 
2、准备EP管 ----点击EP管,并拖动**工作台中央(EP管外显示刻度0.5ml,1.0ml,鼠标置于EP管上,说明框内显示“1.5mlEP管”,3秒钟后隐去);
      实验提示:准备加入目的DNA
 
3、加入RT-PCR产物(目的DNA)---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取15ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“20ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有RT-PCR产物处,点击RT-PCR产物(枪头内显示吸取15ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
实验提示:下一步选择两种限制性内切酶。
 
    4、选择限制性内切酶---- 1点击限制性内切酶,出现对话框,出现RT-PCR产物序列:AACGAATTCACAATGGTCAGATCATCTTCT
TTTGGGATCATTGCCCTGTAAGGATCCAAA
及备选择的5种内切酶及各自切割位:SCA I:AGTACT ,
BamH I:GGATCC,
PVU Ⅰ:CGATCG,
ECOR I:GAATTC,
PVU Ⅱ:CAGCTG,
XMN I: GAANNN TTC。
各个酶前面有一个选择框,点击即为选择用。选择“BamH I”和“ECOR I”提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他组合提示“选择错误,请重新选择”。
    实验提示:加入选中的限制性内切酶
 
5、加入限制性内切酶----  1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取0.25ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“1ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有BamH I处,点击(枪头内显示吸取0.25ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,微量吸液器回到原位置。⑤点击微量吸液器,拖动**盛有ECOR I处,点击(枪头内显示吸取0.25ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
     实验提示: 加入10×Buffer
 
6、加入10×Buffer ----点击微量吸液器(说明框显示“吸取2ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**10×Buffer处,点击10×Buffer(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
实验提示:加入ddH2O
 
7、加入ddH2O ----①点击微量吸液器(说明框显示“吸取2.5ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**ddH2O处,点击ddH2O(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
实验提示:振荡混匀
 
8、振荡---- 1点击振荡器,振荡器出现在工作台中央。②移动加完样的EP管**振荡器上方,③点击“开始振荡”,EP管开始在振荡器上方旋转振荡,④点击“停止”,即停止振荡,振荡器消失,EP管出现在工作台中央。
     实验提示:限制酶酶切
 
    9、酶切---- 1点击恒温槽,恒温槽出现在工作台中央;3移动振荡后的EP管**恒温槽内,③出现选择恒温槽温度对话框,“1:16℃”,“2:37℃”,“3:42℃”,选择“37℃”则提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他则提示“选择错误,请重新选择”④点击“开始酶切”,则出现酶切画面,并出现定时器,时间快速转动,**提示4小时后酶切结束。画面显示有粘性末端的DNA形成,3秒钟后隐去。
      实验提示:准备酶切载体DNA
 
二、准备酶切载体DNA(质粒DNA)
1、点击“准备酶切载体DNA(质粒DNA)” ----桌面右侧出现载体DNA, 10×Buffer,限制性内切酶,碱性磷酸酶,ddH20,左侧:实验仪器:振荡器,恒温槽,EP管。
   实验提示:准备EP管
 
2、准备EP管 ----点击EP管,并拖动**工作台中央(EP管外显示刻度0.5ml,1.0ml,鼠标置于EP管上,说明框内显示“1.5mlEP管”,3秒钟后隐去);
      实验提示:准备加入质粒DNA
 
3、加入质粒DNA---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取15ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“20ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有载体DNA处,点击载体DNA(枪头内显示吸取15ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
实验提示:下一步选择两种限制性内切酶
 
     4、选择限制性内切酶---- 1点击限制性内切酶,出现对话框,出现RT-PCR产物序列:AACGAATTCACAATGGTCAGATCATCTTCT
TTTGGGATCATTGCCCTGTAAGGATCCAAA
及备选择的5种内切酶及各自切割位:SCA I:AGTACT ,
BamH I:GGATCC,
PVU Ⅰ:CGATCG,
ECOR I:GAATTC,
PVU Ⅱ:CAGCTG,
XMN I: GAANNN TTC。
各个酶前面有一个选择框,点击即为选择用。选择“BamH I”和“ECOR I”提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他组合提示“选择错误,请重新选择”。
     实验提示:加入选中的限制性内切酶
 
5、加入限制性内切酶----  1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取0.25ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“1ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有BamH I处,点击(枪头内显示吸取0.25ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,微量吸液器回到原位置。⑤点击微量吸液器,拖动**盛有ECOR I处,点击(枪头内显示吸取0.25ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
     实验提示: 加入10×Buffer
 
6、加入10×Buffer ----点击微量吸液器(说明框显示“吸取2ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**10×Buffer处,点击10×Buffer(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
实验提示:加入ddH2O
 
7、加入ddH2----点击微量吸液器(说明框显示“吸取2.5ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**ddH2O处,点击ddH2O(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
实验提示:振荡
 
8、振荡---- 1点击振荡器,振荡器出现在工作台中央。②移动加完样的EP管**振荡器上方,③点击“开始振荡”,EP管开始在振荡器上方旋转振荡,④点击“停止”,即停止振荡,振荡器消失,EP管出现在工作台中央。
     实验提示:酶切质粒DNA
 
     9、酶切---- 1点击恒温槽,恒温槽出现在工作台中央;3移动振荡后的EP管**恒温槽内,③出现选择恒温槽温度对话框,“1:16℃”,“2:37℃”,“3:42℃”,选择“37℃”则提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他则提示“选择错误,请重新选择”④点击“开始酶切”,则出现酶切画面,并出现定时器,时间快速转动,**提示4小时后酶切结束。
      实验提示:加入碱性磷酸酶
 
10、加入碱性磷酸酶----点击微量吸液器(说明框显示“吸取2.5ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**碱性磷酸酶处,点击碱性磷酸酶(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
      实验提示:振荡混匀
 
11、振荡---- 1点击振荡器,振荡器出现在工作台中央。②移动加完样的EP管**振荡器上方,③点击“开始振荡”,EP管开始在振荡器上方旋转振荡,④点击“停止”,即停止振荡,振荡器消失,EP管出现在工作台中央。
     实验提示:碱性磷酸酶切除质粒DNA5’-末端的磷酸基团
 
     12、酶切---- 1点击恒温槽,恒温槽出现在工作台中央;3移动振荡后的EP管**恒温槽内,③出现选择恒温槽温度对话框,“1:16℃”,“2:37℃”,“3:42℃”,选择“37℃”则提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他则提示“选择错误,请重新选择”④点击“开始酶切”,则出现酶切画面,并出现定时器,时间快速转动,**提示4小时后酶切结束。画面显示有粘性末端的载体DNA形成“半环状”,3秒钟后隐去。
         实验提示:连接反应
 
三、连接反应
1、点击“开始连接反应” ----桌面右侧出现有粘性末端的DNA,有粘性末端的载体DNA,10×DNA连接Buffer,DNA连接酶,ddH20,左侧:实验仪器:振荡器,恒温槽,EP管。
实验提示:准备EP管
 
2、准备EP管----点击EP管,并拖动**工作台中央(EP管外显示刻度0.5ml,1.0ml,鼠标置于EP管上,说明框内显示“1.5mlEP管”,3秒钟后隐去);
    实验提示:加入酶切后目的DNA
 
3、加入酶切后的目的DNA---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取10ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“20ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有酶切后的目的DNA处,点击酶切后的目的DNA(枪头内显示吸取10ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
实验提示:加入酶切后的质粒DNA
 
4、加入酶切后的质粒DNA---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取5ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“10ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有有粘性末端的载体DNA处,点击酶切后的质粒 DNA(枪头内显示吸取5ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
实验提示:加入10×DNA连接Buffer
 
5、加入10×DNA连接Buffer ---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取2ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“10ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有10×DNA连接Buffer处,点击10×DNA连接Buffer(枪头内显示吸取2ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
实验提示:加入DNA连接酶
 
6、加入DNA连接酶---- 1 点击微量吸液器(说明框显示“吸取0.25ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“1ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**盛有DNA连接酶处,点击DNA连接酶(枪头内显示吸取0.25ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器回到原位置。
     实验提示:加入ddH2O
 
 7、加入ddH2----点击微量吸液器(说明框显示“吸取2.75ul液体”,3秒钟后隐去);2 点击装有消毒枪头的塑料盒(说明框显示“5ul枪头”,3秒钟后隐去),加入到微量吸液器上;3点击微量吸液器,拖动**ddH2O处,点击ddH2O(枪头内显示吸取2.75ul红色液体);4拖动微量吸液器**EP管处,EP管盖子打开,点击微量吸液器(出现枪头内液体注入EP管内的画面),液体注入后,EP管盖子盖上,微量吸液器枪头自动**垃圾桶,微量吸液器回到原位置。
实验提示:振荡器振荡
 
8、振荡---- 1点击振荡器,振荡器出现在工作台中央。②移动加完样的EP管**振荡器上方,③点击“开始振荡”,EP管开始在振荡器上方旋转振荡,④点击“停止”,即停止振荡,振荡器消失,EP管出现在工作台中央。
    实验提示:恒温槽连接
 
    9、恒温槽连接---- 1点击恒温槽,恒温槽出现在工作台中央;②移动振荡后的EP管**恒温槽内,③出现选择恒温槽温度对话框,“1:4℃”,“2:16℃”,“3:42℃”,选择“16℃”则提示“选择正确”,对话框消失,如选择其他则提示“选择错误,请重新选择”④点击“开始连接”,则出现连接画面,图中显示酶切后的目的DNA和酶切后的质粒DNA逐渐靠近连接,连接在一起后提示:“DNA重组成功”。